巴克斯在IBM工作了几年,他对于机械式的程序设计感到厌烦,他希望能设计一套新式语言。
1953年巴克斯向当时IBM董事长卡斯伯特·赫德提交了一分备忘录,建议设计一种接近人类语言的编程语言代替机器语言,后来赫德批准了这项计划。
1957年4月他所领导13人小组推出全世界第一套高阶电脑语言FORTRAN,首次用在IBM 704计算机上面,1958年推出FORTRAN Ⅱ,几年后又推出FORTRAN Ⅲ,1962年推出FORTRAN Ⅳ,被称为FORTRAN语言之父。
六十年代巴克斯转到沃森研究中心,参加了ALGOL语言的设计。
1977年10月17日在西雅图举行的ACM年会上获得计算机界最高奖图灵奖,会中他发表了“程序设计能从冯·伊曼形式中解脱出来吗?函数式风格及其程序的代数”(Can Programming be Literated from the von Neumann Style? A Functional Style and Its Algebra of Programs)演说。
1991年退休。
1994年美国工程院授予他Charles Stark Draper奖。
2007年3月17日在美国俄勒冈州的家中去世,享年82岁。